Отмщение за недавнее поражение Персидской империи пришло к грекам не прямым путем. Афины и Спарта столкнулись друг с другом в бесконечной череде изнурительных кампаний, известных нам под названием Пелопоннесской войны, в которой афинская морская держава вынуждена была противостоять превосходной спартанской армии и ее союзникам.
Одним из самых веских доказательств господства Афин на море может служить то, что афинский флот и заморские источники снабжения смогли уравновесить превосходящие силы спартанцев в борьбе на суше. Борьба эта опустошила афинские и союзные территории, однако сам город перенес и атаку неприятеля, и эпидемию, и военную катастрофу на Сицилии, и даже блокаду благодаря продовольственным поставкам с далеких полей Черноморского побережья.
Спарта должна была найти средство каким-то образом ударить по самому слабому месту Афинской державы, блокировав Афины с моря, и нуждалась во флоте. Биографии Лисандра и Алкивиада, составленные Плутархом, рассказывают и о средствах, и о конечном успехе спартанцев. Персы после осторожных переговоров в конце концов согласились на строительство флота для Спарты, что было весьма разумным решением, принятым в связи с рядом нападений афинян на саму Персидскую империю в начале IV века.
Новая спартанская эскадра под командованием первого спартанского адмирала Калликратида смогла разгромить слабую афинскую эскадру у берегов Эретрии в 411 г. до н.э., но понесла большие потери от обновленной афинской флотилии в битве при Аргинуэах о 406 г. до н.э., где утонул Калликратид.
В свете этой неудачи обе стороны провели большие изменения в командовании, что делает сражение при Эгоспотамах наиболее подходящим примером для изучения проблемы командования и контроля в Древнем мире. Спарта заменила павшего адмирала выдающимся, честолюбивым и беспринципным Лисандром. Шестеро лучших оставшихся в живых афинских адмиралов командовали афинской флотилией при Аргинузах. Все шестеро были казнены по приговору афинского народного собрания за то, что не оказали своевременной помощи командам двадцати семи судов, пострадавших во время боевых действий. В сущности, расправа афинян вылилась в самоубийственное обезглавливание собственного флота, в котором Афины так нуждались. Драматических последствий осуществления такого гражданского контроля над военным флотом долго ждать не пришлось.
Компетентность и дипломатические способности Лисандра позволили ему преуспеть в увеличении финансовой поддержки со стороны персов, что воплотилось во вновь отстроенном мощном спартанском флоте. Афинский предатель и изгнанник Алкивиад воспользовался бедствием, чтобы ненадолго, но победоносно возглавить действия афинской флотилии, однако его уже известная политическая неблагонадежность привела к тому, что он бежал еще до того, как подозрительный и мстительный афинский электорат успел приговорить его к смерти. На замену Алкивиаду были высланы три адмирала — Тидей, Менандр и Адимант, послужившие самым ярким в истории примером губительных последствий очевидной некомпетентности.
Лисандр после катастрофы спартанской эскадры при Аргинузах и прочих неудач был нерасположен к встрече с афинским флотом и потому предпочел потихоньку следовать за ним, пока тот перемещался к новой стоянке около важного в стратегическом отношении афинского пути снабжения, проходящего по Геллеспонту. Стоянка была как нельзя более подходящей для удобства и обеспечения экипажей афинского флота. Большую часть экипажей составляли потенциальные избиратели, так что страх адмиралов перед недовольством команды кажется вполне извинительным.
Однако в качестве оборонительной позиции стоянка была выбрана настолько неудачно, что сам Алкивиад вернулся из своего безопасного изгнания, чтобы предупредить своих преемников о том риске, которому они подвергают себя, когда прямо на противоположном берегу, в Лампсаке, обосновалась и укрепилась спартанская флотилия. Его предостережения остались без внимания, и три афинских адмирала погрузились в удобную и губительно предсказуемую рутину, выходя по утрам в море, предлагая сражение превосходящей по численности спартанской флотилии, возвращаясь к месту стоянки и высылая людей на берег за завтраком.
Лисандр был не из тех людей, которые упустили бы такую благоприятную возможность. Как только афинские команды высадились на берег, спартанская флотилия подняла якоря в полном составе. Более чем 200 судов, атаковали афинский флот по сигналу — солнечному блику от полированного щита, — посланному с одного разведывательного судна. Спартанские корабли подошли к стоянке афинян и отбуксировали пустующие суда.
Началась кровавая схватка. Морская пехота спартанцев высадилась на берег, окружила и безжалостно перерезала 3000 захваченных врасплох матросов и офицеров. Афинские адмиралы, высадившие своих людей на берег, не могли ни быстро сманеврировать, ни организовать какое-либо подобие укреплений. Одному проворному афинскому командующему, Конону, и его восьми кораблям удалось избежать катастрофы.
Афинская демократия столкнулась с растущим числом дезертиров, которые, будучи пленниками в собственных городах, предпочли пополнить ряды спартанской армии. Своей кульминации кампания и начинающаяся война достигла тогда, когда Лисандр блокировал город и голодом вынудил афинян и афинскую демократию покориться и сдаться спартанскому правительству и спартанским оккупантам. Ресурсы и стойкость империи персов и олигархии Спарты вылились в победу над мятежной и, в конечном счете, склонной к саморазрушению афинской демократией.