После битвы при Саламине Афины неожиданно стали наиболее значительным морским государством среди греческих городов.
В V в. до н.э. греческие города-государства продолжали интенсивно развивать военно-морской флот. Спарта составила серьезную конкуренцию Афинам во время Пелопоннесской войны (431—404 гг. до н.э.). Афины, тем не менее, лидировали в искусстве маневрировать. Их флот можно было разбить только в том случае, если сами афиняне совершали серьезные стратегические ошибки.

Так, во время Сицилийской экспедиции в 415 г. до н.э. два афинских флота, всего более чем 200 кораблей, были заперты в бухте у Сиракуз, где их великолепное умение не могло использоваться в полной мере. Кроме того, для противостояния афинским таранам сиракузцы усилили свои триремы дополнительными балками в носовой части. В узких водах, где афинян атаковали нос к носу, более легким афинским судам был нанесен серьезный урон. Под Сиракузами афиняне потеряли все свои корабли: флоту не удалось прорваться из бухты, уцелевшие после боя суда были брошены армией при отступлении.

Другое серьезное поражение афинян в Пелопоннесской войне — битва при Эгоспотамах, прекрасно демонстрирующая все недостатки триремы в бою. В сентябре 405 г. до н.э. весь афинский флот из 180 кораблей (восстановленный после разгрома под Сиракузами) был послан в Дарданеллы охранять транспорты с пшеницей. Все силы были сосредоточены на пустынном берегу, в результате чего флот с трудом мог пополнять запасы и находиться в море в течение продолжительного времени. Так как ни одного поселения поблизости не было, команды вынуждены были ходить за продуктами за 3,2 км (2 мили) на рынок. Когда корабли были надолго оставлены без серьезной охраны, спартанский царь Лисандр напал на них и захватил 171 судно, Только девяти триремам удалось бежать и рассказать в Афинах о несчастье. Без защищавшего его флота город был вскоре осажден спартанцами и сдался.