Морской поход Помпея послужил доказательством того, что Рим был единственной супердержавой в Средиземноморье, единственным государством, имевшим ресурсы и власть, необходимые для столь грандиозной операции. Соперником для римлян в последующие столетия могли быть только другие римляне. Морская операция Помпея против пиратов, в том числе и как политический ход, была еще одним шагом к гражданской войне.

Гражданская война потребовала строительства новых кораблей, так как противники боролись за власть в каждом уголке Средиземноморского мира. Флот Помпея стал основой новых морских сил, хотя сам их создатель был побежден своим противником Юлием Цезарем. Но сын Помпея Великого, Секст Помпей, после смерти Юлия Цезаря в 44 г. до н.э. получил контроль над этим флотом, насчитывавшим около 200 кораблей. Преемник Цезаря, молодой Октавиан (будущий Август Цезарь) должен был снова создавать флот для противостояния Помпею-младшему. В 38 г. до н.э. он собрал флот из 370 кораблей под командованием своего близкого друга Марка Виспания Агриппы. Так как команды кораблей были плохо подготовлены для таранного боя, Агриппа придумал новое оружие — метательную машину, стрелявшую абордажными якорями, чтобы захватывать ими вражеские корабли и притягивать их к борту. Агриппа легко одержал победу над Помпеем в сентябре 36 г. до н.э. вблизи Навлоха (северо-восток Сицилии) в битве, в которой участвовало с обеих сторон около 600 кораблей.

Опыт, полученный в гражданской войне, вскоре потребовался для всеобщей Средиземноморской войны, которая ознаменовала окончательное уничтожение Римской республики, точнее её переход в Римскую империю. В конце 32 г. до н.э. Антоний собрал армию и флот в Египте и Центральной Греции, готовые выступить против Октавиана. В ходе решающей битвы при мысе Акциум Марк Антоний потерял и флот и свою армию. На Средиземноморье не существовало больше ни одной державы способной нарушить римское господство на море. Рим, или Римская империя, теперь действительно был хозяином Средиземноморья. Акциум ознаменовал конец классической морской войны, в которой огромные флоты, состоящие из многорядных кораблей (полирем), участвовали в боях, где таран имел решающее значение. Не было врага, который мог бы бросить вызов Риму.

После Акциума Август Цезарь создал постоянно действующий флот, в основном для борьбы с теми, кто пытался узурпировать его власть. Имперский флот сохранялся в Средиземном море около двух столетий, уничтожая любых соперников, перевозя армии, официальных лиц и почту и, если было необходимо, борясь с пиратами. Не имея настоящих соперников, флот вместо больших кораблей все чаще использовал триремы и либурны. Только одна значительная битва произошла на завершающем этапе истории Римской империи, в 323 г. н.э., когда император Западной Римской империи Константин нанес поражение своему восточному сопернику Лнцинию. В этой битве 200 трирем Лициния были разбиты 80 более легкими судами Константина. После этого триремы больше не упоминаются в источниках. Эпоха античного военно-морского флота закончилась.